Los colaboradores de PERLA empezaron a diseñar las encuestas en una conferencia en la Universidad de Princeton en noviembre de 2009. Durante dicha conferencia, se decidió el diseño de las muestras nacionales y de las sobre-muestras de personas indígenas en México y de afro-descendientes en Colombia. Finalmente, una encuesta nacional fue diseñada para cada de los cuatro países, con cambios pequeños para las dos sobre-muestras y un quinto cuestionario para afro-descendientes en la región de la Costa Chica en México.

Después de siete revisiones del cuestionario, muchas conferencias telefónicas por Skype, cientos de emails, dos reuniones con todos los colaboradores en la Universidad de Princeton y viajes por el autor a cada uno de los cuatro sitios en América Latina, los cinco instrumentos para las encuestas fueron finalizados entre agosto y septiembre de 2010. Dependiendo de las condiciones del clima, las encuestas fueron levantadas entre agosto y noviembre de 2010 en cada de los cuatro países.